S pôvodnou ideou vytvorenia budovy múzea v tvare lode šošovkovitého tvaru (rímskej
galéry), o ktorú boli opreté drevené veslá, prišiel za slovenským architektom Petrom
Žalmanom galerista Vincent Polakovič. Ten sa s touto ideou stotožnil, podobne ako aj Gerard
Meulensteen a ďalší, s ktorými tento tvar a osadenie v prírodnom prostredí na Vodnom diele
Čunovo (20 km južne od Bratislavy) konzultovali. Polostrov, ktorý akoby zostal pozabudnutý
po staviteľoch vodného diela, sa v roku 1998 doslova ponúkal na takéto využitie. Keď ho
v roku 1999 získala do dlhodobého nájmu spoločnosť Via Danubia, rozhodol sa na ňom
Gerard Meulensteen postaviť múzeum moderného umenia. Od roku 2000 do 2013 boli
výstavy v tomto objekte inštalované v reprezentačných priestoroch, ktoré boli na tento účel
vybudované. Keďže postupný záujem širokej verejnosti očakával od múzea nielen výmenné
výstavy, ktoré sa v ňom v pravidelných štvrťročných cykloch obmieňali, rozhodli sa
zakladatelia múzea pre jeho dobudovanie o priestor, kde by bolo možné zbierku vystaviť.
Z iniciatívy Gerarda Meulensteena sa v roku 2008 uskutočnilo medzinárodné sympózium
mladých architektov zo Slovenska a Holandska, ktorých výsledkom bola súťaž o budúci tvar
dostavby múzea. Víťazom sa stal návrh Ing. arch. Jána Kukuľu, ktorý sa po viacročnom
pracovnom pobyte v Írsku vrátil na Slovensko, aby sa ako víťaz zhostil úlohy hlavného
architekta dostavby múzea. Jeho koncept, v ktorom sa nové priestory radili lineárne popri
brehu Dunaja pri zachovaní proporcie a dominantnosti pôvodnej budovy Danubiany, bol
prijatý ako najlepšie riešenie. Potom, ako sa Gerard Meulensteen rozhodol svoje múzeum
venovať Slovensku a vláda SR poskytla finančné prostriedky na dostavbu múzea, začal sa
daný zámer na jar 2013 realizovať a dielo bolo dokončené a odovzdané verejnosti v septembri
roku 2014. V tom istom roku udelila medzinárodná porota tomuto dielu cenu „Stavba roka
2014“ v Slovenskej republike.
Danubiana sa stala jednou z dominánt hlavného mesta Bratislavy a jej citlivé osadenie na
polostrove mohutného toku Dunaja, pri citlivej akceptácii prírodnej scenérie, je výsledkom
profesionálneho prístupu všetkých, ktorí pri jej zrode stáli.