Danubiana Meulensteen Art Museum od roku 2012 riadi nezisková organizácia s názvom
DANUBIANA – Centrum moderného umenia. Na čele tejto n.o. je správna rada, ktorá má sedem
členov, z ktorých štyroch menuje ministerstvo kultúry SR a troch spoločnosť Via Danubia, ktorá je
spoluzakladateľom tejto n.o. Ďalším orgánom je dozorná rada, ktorá je trojčlenná, pričom dvoch jej
členov menovalo ministerstvo kultúry SR a jedného spoločnosť Via Danubia. Správna rada
a dozorná rada sa stretávajú dva až štyri krát v každom kalendárnom roku.
Predsedom správnej rady je od vzniku n.o. Gerard Meulensteen ako zakladateľ múzea.
Riaditeľom múzea je Vincent Polakovič, ktorý sa za svoju činnosť zodpovedá správnej a dozornej
rade.
Nezisková organizácia poskytuje všeobecne prospešné služby podľa prijatého štatútu a v zmysle
zákona č. 213/1997 zbierky zákonov o neziskových organizáciách a ďalších doplnkov.
Správna rada každoročne do 30.6. schvaľuje výročnú správu a správu auditora.
Tieto dokumenty je možné dostať k nahliadnutiu buď na recepcii múzea Danubiana, alebo na
internetovej stránke múzea.